盡管FMT的臨床療效突出，但在2013年之前一直被認為是“民間偏方”。直到2013年初，華盛頓大學Surawicz教授領銜的合作組將FMT寫入rCDI診療的臨床指南，這在FMT醫學史上具有里程碑性的意義。同年，《時代》雜志將其評為2013年生物醫學的重大突破之一，《科學》同樣將其評為生物醫學的重大突破之一；2017年菌群移植被美國克利夫蘭醫學中心評為“年度重大醫學創新”。2018年，菌群移植寫入由中華醫學會消化病學分會炎癥性腸病學組撰寫的《炎癥性腸病診斷與診療的共識意見》，提示菌群移植技術在IBD診療中具有較好的效果，得到了國內醫生的肯定；2019年3月份發布的管理條例中認為菌群移植是低風險的一個醫療新技術。腸道菌群在人體健康中起著至關重要的作用，影響著消化、免疫、代謝等多個方面。山東菌群移植供體

有證據表明，腸道中的共生細菌可幫助塑造肝臟，從而幫助清掃病毒。腸道菌群在抵抗乙型肝炎病毒（HBV）的免疫中起著至關重要的作用。糞便微生物菌群移植（FMT）可能是慢性乙型肝炎（CHB）患者的一種潛在的免疫調節療法。Ren等報道了，慢性乙型肝炎患者（CHB）繼續抗病毒治療期間，通過胃鏡（鼻十二指腸輸注的方式）進行FMT，每4周一次（1-7個療程），5名參與者中有4人乙肝e抗原（HbeAg）轉陰，對照組的13人繼續呈現HbeAg滴度陽性反應(p=0.0002)。河南直腸菌群移植專家共識上海沃本發布菌群移植供體篩選標準.

2015年，江蘇省在全國率先將菌群移植（FMT）納入醫療服務收費項目。隨后，通過本項目團隊的努力，山東、河北、云南、廣東等省份也將FMT納入臨床收費項目，推動了FMT在國內的發展。2020年8月20日，上海市將糞菌移植納入醫療新技術目錄，是我國早期個將FMT正式納入臨床醫療服務的直轄市。菌群移植的臨床試驗結果顯示，對于部分可不住院的患者可以通過提供腸道菌群膠囊方式為患者進行菌群移植服務，根據中華胃腸外科雜志刊登的共識提示對于部分疾病使用菌群膠囊效果與住院診療無統計學差異。

2022年國家衛生健康委員會醫院管理研究所、中華醫學會腸外腸內營養學分會、中華醫學會腸外腸內營養學分會腸道微生態協作組發布《腸道菌群移植臨床應用管理中國共識(2022版)》，明確了FMT的適應癥，適應證:(1)消化系統疾病:包括艱難梭狀芽胞桿菌(CDI):復發性(難治性)CDI;其他消化系統疾病:潰瘍性結腸炎、克羅恩病、功能性、IBS、菌群紊亂相關腹瀉、肝硬化等。(2)腸道菌群紊亂所致的消化系統外疾病:腸道外疾病的適應證必須伴隨有胃腸道癥狀，或者當前研究證實該疾病與胃腸道癥狀或腸道菌群紊亂相關。①神經系統疾病:帕金森病、阿爾茨海默病(Alzheimer disease，AD)、肌萎縮側索硬化癥(amyotrophic lateral sclerosis，ALS)、癲癇等。②精神系統疾病:自閉癥、焦慮癥或抑郁癥、多動癥、抽動綜合征等。③代謝相關疾病:代謝綜合征、糖尿病、肥胖癥、脂肪肝、高脂血癥等。④tumor相關疾病:免疫的增敏、免疫及放化療所致腸炎等。⑤過敏性或免疫系統疾病:自身免疫性肝炎、系統性紅斑狼瘡、強制性脊柱炎、免疫性骨關節炎、過敏性皮炎、特發性血小板減少性紫癜等。⑥成人或兒童移植物抗宿主病(graft versus host disease，GVHD)。菌群移植，又稱糞便移植，是一種將健康人的腸道菌群移植到患者腸道內的治療方法。

菌群移植在腸內腸外疾病的診療中逐漸顯示出應用前景，為了規范菌群移植操作，在中華醫學會腸外腸內營養學分會、中國國際醫療保健促進交流會加速康復外科分會、中國微生態診療創新聯盟和上海預防醫學會微生態專業委員會倡議下，我們根據同濟大學附屬第十人民醫院的臨床經驗，結合國內外文獻，制訂了《菌群移植途徑的建立與臨床應用中國共識》。本共識包括移植路徑的選擇、移植途徑建立的方法學、移植途徑建立的臨床應用和不良事件監測四個部分。菌群移植技術正逐步應用于難治性疾病，為患者帶來新希望！上海小腸菌群移植成功案例

菌群移植研究揭示，微生物群落失衡與多種慢性病有關聯。山東菌群移植供體

《菌群移植途徑的選擇與建立臨床應用中國共識》內容所包含的證據質量與推薦強度等級判定和表示方法參考GRADE推薦與評價體系。菌群移植（FMT）移植路徑可劃分為上消化道路徑和下消化道路徑。上消化道路徑包括口服、胃鏡、鼻胃管、鼻十二指腸/空腸管、經皮內鏡胃/腸造瘺管（PEG/J管）；下消化道路徑包括結腸鏡、結腸置管、乙狀結腸/直腸鏡和經肛門保留灌腸（以下簡稱灌腸）。就上消化道與下消化道整體而言，現有證據表明兩者在有效性和安全性方面差異無統計學意義。山東菌群移植供體